O coordenador palmeirense, porém, ainda terá uma conversa presencial com o português José Boto, que deve assumir o comando do departamento de futebol do Flamengo. Eles têm boa relação, e por conta disso João Paulo irá ouvir mais sobre o projeto oferecido pela equipe carioca a partir de 2025. Luiz Eduardo Baptista, o Bap, foi eleito presidente rubro-negro na segunda, e lidera a busca pelo dirigente alviverde. O contrato de João com o Verdão tem multa rescisória de R$ 2 milhões, valor que não seria um empecilho para o Flamengo definir sua negociação. O Palmeiras, contudo, entende que tem argumentos para convencê-lo a permanecer.

Comandante da base que se tornou a mais bem-sucedida do Brasil, ele é visto por Leila Pereira como um dos pilares do departamento de futebol. A expectativa é de que após uma reunião entre João Paulo e Boto, o coordenador volte a conversar com o Palmeiras para tomar uma decisão. Dentro da Academia de Futebol é citado o fato de João Paulo Sampaio já ter tido outras conversas com interessados em tirá-lo do Verdão, e ainda assim permaneceu.