Aos 31 anos de idade, Zé está no Verdão desde 2019 e se tornou peça-chave nos principais títulos da era Abel Ferreira. Até por este histórico depois de 311 jogos e 25 gols pelo Verdão, o clube não quer se desfazer do jogador de qualquer forma. O último ano do volante, porém, foi atrapalhado por lesões, especialmente na coluna. Depois de fazer 60 jogos em 2023, Zé Rafael jogou apenas 37 vezes na temporada que se encerrou no início do mês. Na reta final do Brasileiro, era uma das últimas opções no setor.

Na negociação com o Fluminense chegou a se cogitar uma troca que envolveria a ida de Gabriel Menino para o Rio de Janeiro (RJ), enquanto Martinelli jogaria no Palmeiras. Esta possibilidade não avançou, e Menino vai para o Atlético-MG como parte da transferência de Paulinho. O Verdão manteve contatos com o Santos em diferentes possibilidades de negócio nesta janela. Rony também interessou ao Peixe, mas os valores fizeram as conversas não avançarem. Por outro lado, o zagueiro santista Jair é bem avaliado no Palmeiras, como publicou o Nosso Palestra. O Verdão, porém, por enquanto apenas sondou a situação do defensor de 19 anos de idade.