Durante o período em que Piquerez esteve ausente, entre julho de 2024 e janeiro de 2025, Caio Paulista assumiu a responsabilidade pela lateral, mas não conseguiu desempenhar a função adequadamente. Como resultado, ele foi emprestado ao Atlético-MG, uma negociação que também envolveu a chegada do zagueiro Bruno Fuchs, adquirido em definitivo após um contrato inicial. Em 2025, Piquerez completou sua quinta temporada pelo Palmeiras, e a quarta integral. Apesar de algumas oscilações, ele manteve um bom desempenho e garantiu mais uma vez sua posição como titular.

Ao longo da temporada, Piquerez alcançou a marca de 200 jogos pelo clube, terminando o ano com 57 partidas disputadas, o que representa sua segunda melhor marca, apenas atrás dos 58 jogos feitos em 2023. Após uma completa recuperação da artroscopia no joelho, ele conseguiu evitar problemas físicos significativos, enfrentando apenas uma lesão na coxa direita e um trauma no ombro, que o fizeram perder apenas três jogos. Além disso, esteve ausente em outras ocasiões devido a suspensões e convocações para a seleção uruguaia.

Com o interesse do mercado europeu, o Palmeiras renovou o contrato de Piquerez até 2030 em julho, estendendo seu vínculo, que anteriormente ia até 2027. Naquele momento, ele era o único lateral esquerdo de origem no elenco. No mês seguinte, o clube contratou Jefté, que se destacou no Rangers, da Escócia, fortalecendo assim as opções para a posição.

Os números de Piquerez em 2025 foram sólidos: 57 jogos, 4 gols, 20 chutes a gol e 5 assistências, além de uma precisão de passes de 82,7% e um aproveitamento em cruzamentos de 26,6%. No entanto, ele teve um pênalti perdido ao longo do ano, o que demonstra que, apesar das suas conquistas, ainda há espaço para aperfeiçoamento.